1、內設機構
（一）辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、會務、機要、檔案等工作，承擔信息、信訪、建議議案提案辦理、安全保密、政府信息公開、固定資產管理等工作。
（二）法制處。組織起草本市相關地方性法規和政府規章草案，承擔機關規范性文件的合法性審核和有關備案工作，承擔行政復議、行政應訴的有關工作，負責機關推進依法行政綜合工作，負責行政執法工作的監督、指導和協調。
（三）規劃發展處（研究室）。編制本市應急體系建設、安全生產和綜合防災減災規劃并組織實施，研究提出相關經濟政策建議，推動應急重點工程和避難設施建設。承擔應急管理和安全生產有關重大政策研究和重要文稿起草工作。
（四）應急指揮處（市應急指揮中心）。承擔應急值守、值班等工作，擬訂本市事故災難和自然災害分級應對制度，發布預警和災情信息，銜接解放軍和武警部隊參與應急救援工作。承擔市突發事件應急委員會辦公室的具體工作。
（五）風險監測與綜合減災處。建立本市重大安全生產風險監測預警和評估論證機制，承擔自然災害綜合監測預警工作，組織開展自然災害綜合風險與減災能力調查評估。
（六）救援協調與預案管理處。統籌本市應急預案體系建設，組織編制本市總體應急預案和安全生產類、自然災害類專項預案并負責各類應急預案銜接協調，承擔預案演練的組織實施和指導監督工作，負責協調、指導應急管理體制機制建設。
（七）火災防治管理處。組織擬訂本市地方性消防法規和技術標準并監督實施，指導城鎮、農村、森林消防工作規劃編制并推進落實，指導消防監督、火災預防、火災撲救工作。承擔市防火安全委員會（市森林防火指揮部）辦公室的具體工作。
（八）防汛抗旱處（地震與地質災害救援處）。組織協調本市水旱災害應急救援工作，協調指導重要河湖和重要水工程實施防御洪水抗御旱災調度和應急水量調度工作。組織協調地震應急救援工作，指導協調地震和地質災害防治相關工作，組織重大地質災害應急救援。承擔市人民政府防汛抗旱指揮部辦公室的具體工作。
（九）危險化學品安全監督管理處。負責本市化工（含石油化工）、醫藥、危險化學品和煙花爆竹經營單位安全監督管理工作，依法監督檢查相關行業生產經營單位貫徹落實安全生產法律法規和標準情況，承擔危險化學品安全監督管理綜合工作，負責危險化學品登記和非藥品類易制毒化學品生產經營監督管理工作。
（十）安全生產基礎處。負責本市非煤礦山（含地質勘探）、石油（煉化、成品油管道除外）、冶金、有色、建材、機械、輕工、紡織、煙草、商貿等工礦商貿行業安全生產基礎工作，擬訂相關行業安全生產規程、標準，依法監督檢查相關行業生產經營單位貫徹落實安全生產法律法規、規程和標準情況，指導監督相關行業企業安全生產標準化、安全預防控制體系建設等工作。依法監督檢查煤礦貫徹執行安全生產法律法規、規程和標準情況及安全生產條件、設備設施安全情況。依法組織關閉不具備安全生產條件的礦井。
（十一）安全生產綜合協調處。依法依規指導協調和監督本市有專門安全生產主管部門的行業、領域安全生產監督管理工作，指導協調和監督市政府有關部門和各區政府的安全生產工作，組織協調全市性安全生產大檢查和專項整治等工作，組織實施安全生產考核工作，負責市級安全生產重大事故隱患的掛賬、督辦治理及銷賬等工作。承擔市安全生產委員會辦公室的具體工作。
（十二）救災與物資保障處。承擔本市災情核查、損失評估、救災捐贈等災害救助工作，擬訂應急物資儲備規劃和需求計劃，組織建立應急物資共用共享和協調機制，組織協調重要應急物資的儲備、調撥和緊急配送，承擔市級救災款物的管理、分配和監督使用工作，會同有關方面組織協調緊急轉移安置受災群眾、因災毀損房屋恢復重建補助和受災群眾生活救助。負責對受災省區市的應急援助工作。
（十三）調查評估與統計處。依法承擔本市生產安全事故調查處理工作，監督事故查處和責任追究情況，組織開展自然災害類突發事件的調查評估工作，負責應急管理和安全生產相關統計分析工作。
（十四）宣傳動員處。承擔本市應急管理和安全生產新聞宣傳、輿情應對、文化建設等工作，開展公眾知識普及工作。組織開展相關領域的對外交流與合作。組織指導應急管理社會動員工作。
（十五）救援隊伍建設處。按規定權限承擔本市消防救援隊伍人員招錄、干部任免和調整等工作。指導應急救援隊伍教育訓練。指導各區及社會應急救援力量建設。負責培訓基地建設和管理工作。
（十六）科技與信息化處。承擔本市應急管理、安全生產的科技和信息化建設工作，規劃信息傳輸渠道，健全自然災害信息資源獲取和共享機制，擬訂有關科技規劃、計劃并組織實施。負責城市管理和應急指揮平臺的管理維護，指導各區、各專項應急指揮部和相關部門應急指揮平臺的建設、管理工作。負責應急管理裝備工作。聯系市突發事件應急委員會專家顧問組。
（十七）行政審批處。負責本市安全生產監管方面行政審批項目的審核、審批以及相關協調工作，制定行政審批項目的辦理流程、審批標準等，負責行政審批政策咨詢、業務查詢和信息發布工作。依法組織特種作業人員（特種設備作業人員除外）的考核工作，依法組織生產經營單位主要負責人、安全生產管理人員的安全生產知識和管理能力考核工作。負責安全生產培訓、評價、咨詢、檢測、檢驗等社會中介組織的監督管理工作。
（十八）督查處。負責擬訂本市安全生產督查規章制度、規劃計劃、工作方案并組織實施，負責國家及本市安全生產方面重大決策、重要工作部署、重要文件確定事項、重要會議議定事項落實情況的督促檢查、反饋和協調。
（十九）財務處。負責機關及所屬單位的財務、資產管理、政府采購和內部審計工作。承擔本市隱患排查治理資金的使用管理及監督檢查工作。
（二十）人事處。負責機關及所屬單位的人事、機構編制、外事、隊伍建設和離退休等工作。負責本市應急管理系統干部教育培訓工作。
政治部。協助開展黨的建設、思想政治建設和干部隊伍建設工作。政治部日常工作由人事處、救援隊伍建設處等承擔。
機關黨委（黨建工作處）。負責機關及所屬單位的黨群工作。承擔局黨組落實黨要管黨、全面從嚴治黨責任和全面從嚴治黨主體責任的具體工作。
機關紀委。負責機關及所屬單位的紀檢、黨風廉政建設工作。
工會。負責機關及所屬單位的工會工作。
2、行政執法機構
北京市應急管理綜合執法總隊。負責依法行使法律、法規、規章規定的應由省級應急管理部門行使的行政處罰以及與之相關的行政檢查、行政強制權；負責相關領域重大疑難復雜案件和跨區域案件的查處工作；負責監督、指導、協調各區應急管理綜合執法工作；完成市應急局交辦的其他任務。
3、直屬單位
（1）北京市應急管理科學技術研究院（北京市應急管理考試中心、北京市危險化學品登記注冊事務中心）。承擔本市應急管理、安全生產、防災減災救災等方面科學研究、技術支撐、宣傳教育等工作；承擔安全社區和安全文化示范企業建設、危險化學品登記注冊，以及相關資格考試和注冊管理等方面事務性工作。
（2）北京市應急指揮保障中心。承擔相關市級應急指揮場所指揮調度服務保障工作；承擔本市應急管理、安全生產、防災減災救災領域的舉報投訴、“接訴即辦”、信息化支撐，以及機關電子政務建設等事務性工作。
（3）北京市應急管理事務中心（北京市森林消防綜合救援總隊、北京市突發事件預警信息發布中心）。承擔本市應急演練、演練評估、現場救援以及接收、管理救災捐贈款物等應急管理事務性工作；承擔相關市級應急指揮場所的應急值守工作；承擔本市森林火災以及洪澇、地質災害等綜合性應急救援任務；承擔全市性預警信息和相關重要提示信息的發布、反饋、統計分析，以及平臺建設、運行、維護等事務性工作。
（4）北京市安全生產督查事務中心：承擔本市安全生產督查的輔助性、事務性工作。